1803 endet das Experiment „Helvetische Republik“. Der junge Einheitsstaat kann sich nur gerade fünf Jahre halten, der Widerstand der „alten Garde“ ist zu stark. Napoleon verordnet 1803 die so genannte „Mediationsakte“ und macht damit erhebliche Konzessionen an die einstigen Machthaber. Die Aristokratie geht unter arger Strapazierung verfassungsmässiger Rechte an die Restauration vorrevolutionärer Zustände. Für Wallisellen bedeutet dies den schrittweisen Verlust noch junger Errungenschaften.

Die Mediationsakte teilt das Land in 19 Kantone, die zusammen einen Staatenbund bilden. Der Kanton Zürich ist in fünf grosse Bezirke eingeteilt. Wallisellen gehört zum Bezirk Bülach. In Form von 14 Zunftkreisen werden kleinere Einheiten geschaffen. Wallisellen gehört zur Zunft Dübendorf, Rieden zur Zunft Kloten. Mit den Zünften, wie wir sie heute vom „Sechseläuten“ kennen, haben diese Kreise nichts zu tun. Einerseits sind sie Wahlkreise für die Wahlen in den Grossen Rat (später Kantonsrat), andererseits die Zuständigkeitsgebiete für die Zunftgerichte, welche sich der kleineren Vergehen in ihrem Kreis annehmen.

Die Landgemeinden verlieren im gesamten Kantonsgefüge an Bedeutung. Im Grossen Rat (Legislative) sind die 120'000 Landbewohner mit 120 Abgeordneten, die 11'000 Stadtbewohner mit 110 Abgeordneten vertreten, der Kleine Rat setzt sich ausschliesslich aus Stadtbürgern zusammen. Die Bildungsmöglichkeiten der Landbevölkerung werden wieder stark verschlechtert, der Loskauf von den Feudallasten, der in der Helvetischen Republik angestrebt wird, wird stark erschwert.

Während der Restauration von 1815 – 1830 verschärft sich die Situation nochmals. In den Landgemeinden kehrt eine bleierne Ruhe ein.